W latach 80. XV wieku spadła na Mediolan plaga dżumy, więc co zamożniejsi obywatele opuścili miasto. Wyjechał też Sforza, któremu da Vinci nakazał dezynfekcję rąk i przedmiotów… perfumami.

Ludovico Sforza

Beatrice d'Este, żona Il Moro.

Jej portret namalowany przez Leonarda w kaplicy z „Ostatnią wieczerzą" jest obecnie niemal niewidoczny. To postać klęczącej Beatrice na fresku „Ukrzyżowanie” Donato Montorfano, znajdującym się naprzeciwko „Ostatniej Wieczerzy".  

Cecylia Gallerani, kochanka Il Moro, obraz Leonarda da Vinci, który znajduje się w Muzeum Czartoryskich w Krakowie.

Córka Il Moro – Bianka, mal. Leonardo

Leonardo twierdził, że morowe powietrze powstaje z „miazmatów”, a te z kolei z rozkładających się zwłok, śmieci, odchodów, gnijących roślin czy pożywienia – słowem ze wszystkiego co śmierdzi. Zgłębiający wszelkie interesujące go sprawy da Vinci doszedł do wniosku, że odpowiedzialne za powstawanie miazmatów są przede wszystkim zatłoczone miasta pełne nieczystości. Natchnęło go to do sporządzenia rysunków i planów miasta składającego się z dwóch poziomów: dolnego z kanałami do odpływu nieczystości i ulicami do transportu towarów oraz… domami dla służby i robotników i górnego, gdzie byłyby przestronne ulice, po których spacerowaliby ludzie dobrze urodzeni. Jak widać miazmaty służbie by nie przeszkadzały, ale Leonardo postępował zgodnie z tym, co napisał: „Niechaj tylko to, co piękne, będzie widoczne na powierzchni”. Zajął się nawet toaletami – „siedzisko latryny winno się obracać jak kołowrót w klasztorze i cofać do pozycji wyjściowej dzięki przeciwwadze. W suficie powinno być dużo otworów umożliwiających oddychanie”. Artysta i wynalazca z Vinci zalecał też regularne sprzątanie ulic, jak najszybsze usuwanie śmieci oraz specjalne systemy wentylacji w budynkach włącznie z wysokimi kominami, by dym z nich nie ścielił się w dolnych kondygnacjach.

Wszystkie te pomysły zapisał w Manuskrypcie zwanym Paryskim. Oprócz projektu dwupoziomowego miasta można obejrzeć w nim helikopter i maszyny oblężnicze oraz wiele innych wynalazków, którymi Leonardo sypał jak z rękawa i które nigdy za jego życia nie doczekały się realizacji. Niemal wszystkie nie wyszły poza fazę wstępnych szkiców czy pomysłów i podobnie jak większość obrazów pozostały nieukończone, czego twórca był boleśnie świadom. Na kartach jego notatek co chwila widać powtarzane obsesyjnie jedno zdanie: „Powiedz mi, powiedz, czy kiedykolwiek coś ukończyłeś?”.