Biskup był notorycznie pozbawiany snu i jedzenia. Odmówiono mu prawa do widzeń, listów i paczek. Ubecy podawali mu środki odurzające. „Przekonywali go”, że jest zdrajcą, i jako takiego wszyscy się go wyrzekli. Śledztwo, z przerwami, trwało przez dwa lata i osiem miesięcy. W rezultacie kapłan został doprowadzony do stanu przedagonalnego.

Proces bp. Kaczmarka odbywał się w dniach 14–21 września 1953 roku przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie (nawet w PRL-u sądzenie duchownego przed wojskowym trybunałem było ewenementem). Sądził Mieczysław Widaj, notoryczny morderca sądowy polskich niepodległościowców. Akt oskarżenia dotyczył: „działalności w antypaństwowym ośrodku” w interesie „imperializmu amerykańskiego i Watykanu” w celu „obalenia władzy robotniczo-chłopskiej” drogą „działalności dywersyjnej i szpiegowskiej”.

W pewnym momencie ów pokazowy proces został przerwany. Cóż takiego się stało? Otóż bp Kaczmarek przestał czytać przygotowany mu przez „oficerów” śledczych maszynopis. Wtedy czerwony (sic!) ze wściekłości dyrektor departamentu śledczego MBP Józef Goldberg Różański wyszedł nagle z salki obok i upominał Kaczmarka: „Ja już skułem mordy obrońcom [głównym adwokatem był Mieczysław Maślanko, który pełnił de facto rolę jednego z oskarżycieli – red.] i przestrzegam księdza biskupa, aby nie poważył się więcej na podobne postępowanie”. To właśnie Różański wydał wcześniej wyrok na biskupa, podobnie jak czynił to w przypadku wielu innych „wrogów ludu”. Wobec Czesława Kaczmarka Widaj ogłosił karę 12 lat więzienia. Nawet po wyroku władze PRL nie dały spokoju księdzu – w izolatce spędził kolejne 8 lat. Więzienie opuścił w maju 1956 roku, ale ubeckie metody sprawiły, że zmarł przedwcześnie w sierpniu 1963 roku. Tak czerwona zaraza walczyła z Kościołem katolickim.