Konfederacja zapewniała swobodę wyznania szlachcie, zapewniała innowiercom równouprawnienie i opiekę państwa. Akt mimo sprzeciwów kleru wszedł w życie i był zaprzysięgany przez królów przy koronacji. Polskę zaczęto nazywać w Europie azylem heretyków.

Dokument Konfederacji warszawskiej uważany jest za początek gwarantowanej prawnie tolerancji religijnej. W 2003 roku tekst konfederacji warszawskiej został wpisany na listę UNESCO Pamięć Świata.