Po walce we wrześniu 1939 r. organizował w Wilnie konspiracyjny Związek Walki Zbrojnej. W 1943 r., przybierając pseudonim „Łupaszka”, został dowódcą pierwszego polskiego oddziału partyzanckiego na Wileńszczyźnie, który przekształcił się w 5. Wileńską Brygadę AK, najliczniejszą i najsilniejszą na tych terenach. W czasie okupacji sowieckiej odtworzył 5., a następnie 6. Wileńską Brygadę. Walczył na terenach od Podlasia, przez Białostocczyznę, Warmię i Mazury do Pomorza. Jednego dnia był w Borach Tucholskich, drugiego w okolicach Jeziora Śniardwy. W latach 1945–1948 oddziały „Łupaszki” rozbiły około 60 posterunków MO, kilka placówek UBP i posterunków SOK, a także kilkanaście placówek Armii Czerwonej. Zabito blisko 200 funkcjonariuszy i oficerów NKWD, UBP, MO i Armii Czerwonej. W rezultacie za głowę jednego z największych swoich wrogów Sowieci wyznaczyli wysoką nagrodę. W czerwcu 1948 r. UB rozpracował i ostatecznie rozbił Wileński Okręg AK. „Łupaszkę” aresztowano 30 czerwca w Osielcu pod Zakopanem i od razu przewieziono do katowni bezpieki przy ul. Rakowieckiej w Warszawie. Brutalne śledztwo trwało 2,5 roku. Major Zygmunt Szendzielarz został skazany na osiemnastokrotną karę śmierci. Nikogo nie wydał. O łaskę nie poprosił. Był 8 lutego 1951 r. Z celi na Mokotowie „Łupaszka” został wyprowadzony wczesnym wieczorem. Do współwięźniów powiedział: „Z Bogiem, Panowie”. Oni odpowiedzieli: „Z Bogiem, Panie Majorze”. Prokurator odczytał wyrok śmierci „w imieniu Rzeczpospolitej”. Potem oprawcy zmusili Szendzielarza, aby oglądał leżące na schodach martwe ciała trzech swoich kolegów, zabitych przed chwilą. Kula dosięgła „Łupaszkę” o godz. 20:15. Faktycznie mjr Zygmunt Szendzielarz nie zasłużył na ulicę w Białymstoku?