Wiosną 1944 r. pracownicy Archiwum wybrali najcenniejsze ich zdaniem dokumenty, które złożone w sumie 300 skrzyniach zostały ewakuowane do Fortu Sokolnickiego na Żoliborzu. I tam przetrwały Powstanie pod opieką m.in. władz powstańczych. Te 3 proc. zostało potem przewiezionych na Jasną Górę do oo. Paulinów i ocalało, zresztą pod opieką dyrektora Archiwum Józefa Stojanowskiego. 

– powiedział zastępca dyrektora AAN Mariusz Olczak.

Wśród ocalonych dokumentów znalazły się akta Tymczasowej Rady Stanu i Rady Regencyjnej, czyli - jak podkreślają archiwiści - dokumenty ukazujące "zalążki odradzania się polskiego państwa". Jest to także część akt Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego oraz Ministerstwa Spraw Zagranicznych, a także akta Naczelnika Państwa w wymiarze Kancelarii Cywilnej i akta prezydentów RP w wymiarze Kancelarii Cywilnej. Reszta Archiwum pozostała przy ul. Rakowieckiej. 3 listopada 1944 r. weszli tam Niemcy i cały ten zbiór celowo podpalili i dopilnowali, żeby wypalił się do końca. To ogromna strata – zaakcentował Olczak.

Wśród zniszczonych archiwaliów znalazły się Akta Urzędu Zdobyczy Wojennych; Ministerstwa Zdrowia Publicznego; Ministerstwa Robót Publicznych; Państwowego Urzędu ds. Powrotu Jeńców Wojennych, Uchodźców i Robotników; Urzędu Emigracyjnego; Ministerstwa Opieki Społecznej; Poselstwa Polskiego w Wiedniu; Ministerstwa Rolnictwa i Reform Rolnych; Ministerstwa Spraw Zagranicznych; akta gimnazjów i liceów warszawskich; Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego; Prokuratorii Generalnej; Komisariatu Rządu m.st. Warszawy i Prezydium Rady Ministrów.

Niemcy od początku wojny interesowali się zasobem archiwów.

Od razu szukali pewnych dokumentów, pewnych zespołów, z samej Warszawy w 1939 r. do zbiornicy specjalnie utworzonej w Oliwie wywieziono 78 wagonów. Dużą cześć tych materiałów zagarnęli potem Rosjanie w 1945 r. i te akta utworzyły tzw. archiwum trofiejne w Moskwie. W okresie PRL-u wróciły do nas tylko jakieś mało znaczące ułomki.

– relacjonował Krawczak.

Czyli część zagarnęli Niemcy, lwią część po nich Rosjanie, a do nas wróciło tylko to co było na Jasnej Górze, ewentualnie to co było w rękach prywatnych - wypożyczone, ocalone, ukryte. Zachował się szereg rewersów z II wojny, w których Niemcy poświadczają, że wypożyczają dokumenty. To są nadal te rzeczy, które wymagają załatwienia w stosunkach bilateralnych polsko-niemieckich i polsko-rosyjskich, powrotu oryginałów, które ocalały, do macierzystych archiwów.

– zaznaczył dyrektor Archiwum Akt Nowych.

Obecnie zasób Archiwum liczy 45 km akt.