Akademia Wileńska powstała w 1579 r. na mocy przywileju króla Stefana Batorego przekształcającego Kolegium Jezuitów. Była to pierwsza uczelnia wyższa na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego. O utworzenie uniwersytetu przez wiele lat zabiegał Piotr Skarga, autor „Kazań sejmowych”, który został jego pierwszym rektorem. W ciągu kolejnych dziesięcioleci akademia przyciągała najwybitniejszych polskich uczonych oraz kształciła elity Rzeczypospolitej. Od drugiej połowy XVII wieku, podobnie jak inne tego typu ośrodki Korony i Litwy, traciła na znaczeniu. Po kasacie zakonu jezuitów została przekształcona w Szkołę Główną Litewską i na krótko stała się ponownie ważnym centrum życia intelektualnego. W niemal niezmienionym kształcie funkcjonowała pod panowaniem rosyjskim. W tym okresie studiowali tam Adam Mickiewicz i Juliusz Słowacki. W 1817 r. na uniwersytecie zawiązało się Towarzystwo Filomatyczne. Karą za wsparcie studentów dla Powstania Listopadowego była likwidacja uczelni w roku 1832. Na jej miejsce car Mikołaj I powołał Cesarską Wileńską Akademię Medyko-Chirurgiczną i Akademię Duchowną. W 1842 r. obie przeniesiono do Kijowa i Petersburga. Na niemal osiemdziesiąt lat Wilno przestało być ośrodkiem akademickim.

Marzenia o odbudowie uniwersytetu snuli najwybitniejsi litewscy intelektualiści przełomu wieków, m.in. Alfons Parczewski, Władysław Zahorski, Eliza Orzeszkowa, Józef Hłasko i Czesław Jankowski. Władze carskie zgodziły się jedynie na powołanie w 1906 r. Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie. Na kilkanaście lat stało się ono centrum życia intelektualnego. Jeszcze pod okupacją niemiecką w 1918 r. środowisko naukowe Wilna próbowało doprowadzić do powołania uniwersytetu. Sprzeciw władz niemieckich oraz niechęć elit uzyskującej niepodległość Litwy sprawiły, że wysiłki te zakończyły się niepowodzeniem. Podobne starania podejmowali również Litwini. Jako termin otwarcia uczelni określili 1 stycznia 1919 r. Plany te pokrzyżowało zajęcie Wilna przez bolszewików 5 stycznia 1919 r. Co ciekawe, także oni rozpoczęli prace nad powołaniem akademii, nazywanej Powszechnym Uniwersytetem Pracy.

Nadzieje na realizację planów powołania uczelni przywróciło wyzwolenie Wilna spod okupacji sowieckiej w kwietniu 1919 r. Naczelnik Państwa Józef Piłsudski zdawał sobie sprawę z prac nad odbudową szkół wyższych prowadzonych w Warszawie. 26 kwietnia przyjął tymczasowego rektora, stojącego na czele wspomnianego komitetu, prof. Józefa Ziemackiego. Podczas innego spotkania z uczonymi z Wilna Piłsudski powiedział: „Chciałbym, by ziścić się mogły moje najgorętsze chęci, by miasto to stało się jedną z wielkich stolic świata, ogniskiem kultury, nowymi Atenami, które promieniowałyby nie tylko na kraj cały, ale i daleko poza jego granice i w ten sposób nawiązały nić tradycji ze swą świetną przeszłością — miasta Śniadeckich, Lelewela, Mickiewicza”.

Uniwersytet Wileński został ponownie otwarty 11 października 1919 r. Dzień ten połączono z inauguracją roku akademickiego. W kaplicy w Ostrej Bramie arcybiskup krakowski Adam Sapieha odprawił nieszpory. Uroczystości odbyły się w obecności całego senatu uczelni, wojska i tłumów wilnian, Józefa Piłsudskiego, syna absolwenta Uniwersytetu Wileńskiego Adama Mickiewicza – Władysława, oraz delegacji wszystkich szkół wyższych odrodzonej Polski. Tego samego dnia przyjęto, że odrodzony ośrodek będzie nosił imię jego założyciela – króla Stefana Batorego. Nawiązaniem do tradycji był też herb uczelni łączący godła Polski i Wielkiego Księstwa Litewskiego. Przemówienie inauguracyjne wygłosił Naczelnik Państwa. 

„Niechże więc ta Wszechnica, którą dziś otwieram, zgodnie z tradycją tej ziemi nie zieje nigdy jadem nienawiści, niech nie kroczy nigdy drogami, które dla nas Polaków, tak ciężkimi były. Niech krzepi jasnowidztwem wiedzy, potęgą myśli twórczej, umiejętną i skrzętną pracą naukowego rzemiosła” – zaznaczył Piłsudski. Następnie wręczył rektorowi prof. Michałowi M. Siedleckiemu insygnia władzy akademickiej: berło (drewnianą kopię oryginalnego berła wywiezionego do Petersburga) i łańcuch, a następnie złożył tradycyjne łacińskie życzenia – „Quod felix, faustum, fortunatumque sit” („oby to było szczęśliwe, sprzyjające oraz pomyślne”). W przemówieniu rektor odwoływał się do prometejskiej idei federacji narodów tej części Europy. 

Na pierwszy rok przyjęto 547 studentów. Tuż po zakończeniu zajęć w lipcu 1920 r. uniwersytet ewakuowano przed nadchodzącymi wojskami bolszewickimi. Zgromadzenie studentów uchwaliło wezwanie do wstąpienia w szeregi Wojska Polskiego. Uchylający się od tego obowiązku mieli zostać usunięci ze szkoły. W sierpniu 1920 Wilno zostało przejęte przez Litwę. Po odzyskaniu miasta w październiku 1920 r. Uniwersytet Stefana Batorego wznowił działalność. Jego budynki i wyposażenie były niemal nienaruszone.