Muzeum jest najstarszą instytucją w Polsce noszącą nazwę "Narodowe" i największą pod względem liczby oddziałów i zbiorów, którymi się opiekuje. Jego pierwszą siedzibą były Sukiennice, a początkiem zbiorów dar malarza Henryka Siemiradzkiego – jego obraz "Pochodnie Nerona". Do końca I wojny światowej było jedynym wielkim dostępnym dla publiczności muzeum na ziemiach polskich. W ciągu 140 lat w muzeum pracowało ponad 4 tys. osób, a jego obecne zbiory to ponad 900 tys. obiektów. 

Muzeum ma trzy oddziały biograficzne poświęcone wielkim polskim artystom: Dom Jana Matejki przy ul. Floriańskiej 41 (dom własny najwybitniejszego polskiego malarza historycznego) i Dom Józefa Mehoffera przy ul. Krupniczej 26 wraz z odtworzonym w 2004 roku po ponad sześćdziesięciu latach ogrodem zaprojektowanym przez Józefa Mehoffera i uznanym wówczas za najpiękniejszy ogród młodopolski w Krakowie. Trzeci oddział znajduje się poza Krakowem, w Zakopanem, przy ulicy Kasprusie 19. Jest to muzeum biograficzne wielkiego kompozytora polskiego – Karola Szymanowskiego, ulokowane w drewnianej willi "Atma". 

W posiadaniu Muzeum Narodowego w Krakowie jest bezcenna, liczącą 100 tysięcy egzemplarzy kolekcja numizmatów, w tym najlepszy na świecie zbiór numizmatów polskich. Jej trzon to licząca ponad 11 tysięcy egzemplarzy kolekcja słynnego numizmatyka i zbieracza pamiątek historycznych hrabiego Emeryka Hutten-Czapskiego (1828–1896). Kolekcja, wraz z budynkiem muzealnym, została przekazana Muzeum Narodowemu w Krakowie.

Integralną częścią Muzeum Narodowego w Krakowie stała się od dnia 29 grudnia 2016 roku kolekcja Książąt Czartoryskich. Po dokończeniu remontu budynków Muzeum Książąt Czartoryskich przy ulicy św. Jana 19 wraz z przyległym Arsenałem od strony ulicy Pijarskiej ta bezcenna kolekcja, zaliczana do najważniejszych Polsce, licząca 86 tysięcy muzealiów, będzie znowu udostępniona publiczności. Kolekcja obejmuje także 250 tysięcy rękopisów, starodruków, książek i dokumentów.