Początki istnienia klasztoru sięgają 1382 roku, kiedy to do Polski zostali sprowadzeni paulini z macierzystego klasztoru św. Wawrzyńca pod Budą na Węgrzech przez księcia Władysława Opolczyka.

Dwa lata po powstaniu klasztoru książę opolski Władysław powierzył zakonnikom przywieziony z ziemi halickiej obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, zwany odtąd Obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej, który według legendy namalował św. Łukasz Ewangelista na desce stołu w Jerozolimie. Obraz wkrótce zasłynął łaskami i cudami. W rzeczywistości obraz powstał w XIV wieku i jest dziełem nieznanego artysty włoskiego. 

14 kwietnia 1430 klasztor został splądrowany przez bandę rycerzy, rozbójników (Polaków, Ślązaków, Czechów i Morawian, wśród których był m.in. starosta sanocki Jan Kuropatwa), którzy przy tej okazji sprofanowali i zniszczyli cudowny obraz. Obraz został wówczas wyrwany z ołtarza, ciśnięty na ziemię, okradziony z kosztowności i pocięty szablami. Po renowacji w Krakowie i ozdobieniu tła srebrnymi blachami obraz został uroczyście przeniesiony na Jasną Górę w 1434.

Ponowny wzrost ruchu pielgrzymkowego wymusił trwającą do 1644 rozbudowę gotyckiej kaplicy Matki Bożej. Budowa fortyfikacji trwała 28 lat z przerwami od roku 1620. 

Szczególnego znaczenia dla Polaków miejsce to nabrało podczas potopu szwedzkiego w 1655 oraz 1 kwietnia 1656, gdy król Jan II Kazimierz Waza złożył śluby lwowskie. 16 marca 1657 przybył on na Jasną Górę i tam modlił się o uratowanie Rzeczypospolitej przed wojskami szwedzkimi. Śluby lwowskie powtórzone zostały 26 sierpnia 1956 w Jasnogórskich Ślubach Narodu, napisanych przez prymasa kard. Stefana Wyszyńskiego 16 maja 1956.

W ciągu niespełna 200 lat istnienia Fortecy wielokrotnie pod jej murami stawał nieprzyjaciel. W czasie potopu szwedzkiego wojska nieprzyjaciela podjęły próbę opanowania klasztoru i sanktuarium. 8 listopada 1655 Szwedzi zażądali poddania klasztoru, lecz po odmowie zakonników wycofali się następnego dnia do Wielunia. Od 18 listopada 1655 do nocy z 26 na 27 grudnia Szwedzi ponownie rozpoczęli oblężenie. Jednak o. Kordecki odrzucił ponowne żądanie kapitulacji po informacjach o niezadowoleniu wojsk polskich w służbie szwedzkiej. Twierdza znajdowała się pod ostrzałem, lecz szwedzkie wojska dopiero 10 grudnia sprowadziły artylerię oblężniczą, która mogła się przyczynić do zdobycia klasztoru. W dniu 24 grudnia o. Kordecki odrzucił kolejne żądanie poddania twierdzy. 27 grudnia Szwedzi zaprzestali oblężenia, jednakże próbowali później bezskutecznie, jeszcze czterokrotnie zdobyć klasztor. 

Następnie podczas III wojny północnej, Szwedzi trzykrotnie oblegali jeszcze Jasną Górę, kiedy komendantem twierdzy był przeor klasztoru o. Euzebiusz Najman OSPPE. Groźbami i szantażem usiłowali wymusić okup na paulińskich zakonnikach. Okupu jednak nie zdołał wymusić, a spowodowane postojem pod Częstochową opóźnienie w marszu wojsk skomplikowało w tymże roku losy podboju Polski.

Ostatni, czwarty  raz w czasie III wojny północnej, Szwedzi pojawili się pod klasztorem we wrześniu 1709. Zażądali zapłacenia kontrybucji, lecz 12 września w obliczu nadciągających wojsk rosyjskich i saskich, wycofali się z Częstochowy.

Koronacja obrazu
Przez następne lata, do 1770 na Jasnej Górze nie było żadnych działań zbrojnych. W tym czasie miało miejsce bardzo ważne wydarzenie. Otóż decyzją papieża Klemensa XI z 1716 biskup chełmski Krzysztof Szembek dokonał 8 września 1717 koronacji jasnogórskiego obrazu, w której uczestniczyło około 200 tys. wiernych. Była to pierwsza na ziemiach polskich, ustanowiona dekretem papieskim koronacja wizerunku Matki Bożej z Dzieciątkiem, dokonana poza Rzymem.

Jasna Góra stawiła też dzielny opór wojskom austriackim w wojnie 1809. Ostatnim oblężeniem w historii Jasnej Góry było oblężenie Twierdzy przez gen. Fabiana Sackena w kwietniu 1813. Po odcięciu wody do klasztoru i uczynieniu wyłomu w murach, oraz poczynieniu przez oblegających znacznych strat w Fortecy, dysponujący 1100 ludźmi płk Antoni Górski zmuszony był poddać Twierdzę na honorowych warunkach.

Okres pod rządami rosyjskimi, to czas nasilających się represji wobec klasztoru: ograniczano liczbę zakonników, zajęto dobra ziemskie, a sanktuarium było grabione. 24 października 1909 miała miejsce profanacja obrazu, podczas której dokonano kradzieży klementyńskich koron i sukienki przez nieznanych sprawców. Przypuszcza się, że kradzież mogła być inspirowana przez agentów rosyjskich służb tzw. Ochrany. Rok później, 22 maja 1910 odbyła się ponowna koronacja (rekoronacja) koronami, które zostały przesłane przez papieża św. Piusa X. Wraz z koronami obraz otrzymał nową sukienkę - koralową, ufundowaną przez włościan ze wsi Rembieszyce i Złotniki w kieleckim.

I wojna światowa ominęła Jasną Górę, stanowiącą od 26 kwietnia 1915 do 4 listopada 1918 enklawę pod okupacją austro-węgierską. Komendantem wojskowym klasztoru był z nadania austriackiego kpt. Josef Klettlinger.

W pierwszych dniach II wojny światowej w polskiej prasie pojawiły się doniesienia jakoby Luftwaffe dokonało nalotu na klasztor. Informacje te okazały się jednak nieprawdziwe, prawdopodobnie zostały sfingowane przez samych Niemców. W czasie tej wojny część pomieszczeń twierdzy była okupowana przez niemieckie wojsko (od 3 września 1939 roku do 16 stycznia 1945), a sami zakonnicy byli kontrolowani. Ograniczono między innymi zbiorowe pielgrzymki. Samą ikonę w ołtarzu głównym zastąpiono kopią, a oryginał ukrywano na terenie klasztoru, między innymi był przymocowany pod blatem jednego z dwu stołów w bibliotece klasztornej. Jasna Góra w tym czasie stała się schronieniem dla partyzantów, a także Żydów. Ponadto Niemcy usiłowali wykorzystać to miejsce na swoją propagandę, chcąc zjednać sobie Polaków. Jasną Górę dwa razy odwiedził gubernator Hans Frank. W styczniu Niemcy podjęli próbę spalenia klasztoru, zakończoną niepowodzeniem dzięki szybkiej ofensywie Armii Czerwonej.

26 sierpnia 1956 przy udziale około miliona wiernych złożono Jasnogórskie Śluby Narodu Polskiego, zredagowane przez uwięzionego prymasa Stefana Wyszyńskiego, oraz modlono się o jego uwolnienie. 3 maja 1966 odbyły się centralne uroczystości religijne millenium chrztu Polski.

Sanktuarium na Jasnej Górze odwiedziło dotychczas trzech papieży: św. Jan Paweł II (sześciokrotnie), Benedykt XVI i Franciszek, m.in. ofiarując swoje dary. Warto dodać, że poza pielgrzymkami, św. Jan Paweł II ofiarował jeszcze inne dary, w tym m.in. złote serce (22 czerwca 1982) i korony do Obrazu jasnogórskiego (poświęcone 1 kwietnia 2005, a ofiarowane 3 maja 2005).