Do Gęsiówki przywożeni byli Żydzi z innych obozów oraz z krajów okupowanej Europy. Od 31 sierpnia do 27 listopada 1943 r. przyjechały cztery transporty Żydów z Auschwitz, łącznie blisko 3,7 tys. więźniów.

W celu utrudnienia ich ewentualnych kontaktów z mieszkańcami Warszawy do obozu kierowano przede wszystkim Żydów pochodzących z Grecji, Francji, Niemiec, Austrii, Belgii i Holandii, przywieziono też liczną grupę z Węgier. Więźniowie zajmowali się głównie wyburzaniem getta, sortowaniem gruzu, wydobywaniem wszelkiego rodzaju surowców wtórnych, ale również poszukiwaniem kosztowności i innych cennych przedmiotów. Wszystko, co przedstawiało jakąkolwiek wartość, wywożono do III Rzeszy. Niejednokrotnie w gruzach odnajdywano też Żydów, którzy ukrywali się tam od czasów powstania. Byli rozstrzeliwani na miejscu.

Pod koniec lipca 1944 r. zaczęto plan ewakuacji obozu. Ok. 400 osób niezdolnych do marszu i chorych rozstrzelano. Pozostali więźniowie zostali wywiezieni do Dachau, wcześniej musieli na piechotę dotrzeć do Kutna. Podczas marszu śmierci zginęło ok. 2 tysięcy osób. 

5 sierpnia 1944 r. żołnierze batalionu AK "Zośka" po brawurowej akcji zdobyli obóz. Dowódca powstańców Ryszard Białous ps. Jerzy, tak wspominał ten moment:

Z budynków i wież pryskają Niemcy bezładnymi grupkami, uciekając w ruiny Starówki, drzwi [baraków] rozwierają się pod naporem, a całe przedpole zapełnia się masą pasiastych postaci biegnących w naszą stronę z niebywałym krzykiem i wymachiwaniem rąk. Przez moment poczułem, jak gardło moje ściska skurcz radości – zdążyliśmy na czas.

Według danych dowództwa AK wyzwolono prawie 350 więźniów, w tym 24 kobiety. Większość uwolnionych Żydów przyłączyła się do powstania warszawskiego.

Od stycznia do maja 1945 r. Gęsiówka ponownie stała się więzieniem i obozem pracy, tym razem nadzorowanym przez NKWD. Na jej terenie w bardzo ciężkich warunkach przetrzymywano m.in. żołnierzy AK i członków podziemia niepodległościowego. W 1956 r. komunistyczny obóz zlikwidowano. W obozie tym poniosło śmierć ok. 1,8 tys. osób. Nie wiemy dokładnie, gdzie zostały pochowane, być może na jednym z podwórzy Gęsiówki