Według jednej wersji zdarzeń, odszedł z tą partią jako jej kapelan, według drugiej, w obawie przed represjami, wyjechał do Wielkopolski. Ale gdy dowiedział się, że aresztowano proboszcza w jego parafii, przyjechał do Lidy i oddał się w ręce policji. Został osadzony w więzieniu w Wilnie. Prawdopodobnie sądzono go dwukrotnie. Za pierwszym razem wyrok brzmiał –  5 lat katorgi, choć z powodu dobrowolnego poddania się obowiązywała amnestia. Po raz drugi proces rozpoczął się, gdy o jego rewizję wnioskował świeżo mianowany generał-gubernator Litwy – Murawiow (który zyskał później przydomek Wieszatiel). Sąd wojskowy skazał wówczas Iszorę na śmierć przez rozstrzelanie. Murawiow zatwierdził wyrok 28 maja, w dwa dni po swoim przyjeździe do Wilna. Wyrok wykonano 3 czerwca 1863. Murawiow tak napisał o tym w swoich pamiętnikach:

Pragnąc dowieść Polakom, że rząd ich się nie obawia, zająłem się niezwłocznie rozpatrzeniem wyroków na ważniejszych przestępców… Zacząłem od księży, jako głównych działaczy buntu; w ciągu tygodnia rozstrzelano dwóch księży.

Po egzekucji, która odbyła się publicznie na placu Łukiskim w Wilnie, zwłoki Iszory zakopano na miejscu kaźni, jednak nocą mieszkańcy Wilna potajemnie wygrzebali ciało i pochowali je na Górze Zamkowej, a na miejscu tym gromadziły się liczne tłumy modlących się Wilnian. Poświęcona pamięci ks. Iszory tablica została umieszczona 4 czerwca 1933 roku w kościele św. Jakuba w Wilnie.