Od innych rzek europejskich odróżnia Wisłę rozgałęzione koryto, szereg wysp, piaszczystych łach i starorzeczy, tworzące harmonię i piękno, niespotykane na rzekach już uregulowanych. 

W wodach Wisły wciąż można obserwować procesy samooczyszczania, natleniania wody czy erozji brzegowej. Charakterystyczne dla Wisły są również gwałtowne wahania poziomu wód  oraz przemieszczanie się w rzece rumowiska skalnego pochodzącego z erozji gleb. 

Poziomy wody w Wiśle wahają się rocznie o nawet siedem metrów. W czasie większych wezbrań, takich jak w 2010 roku, płynie w niej ok. sześć mln litrów wody na sekundę. Tymczasem w okresie zwykłych stanów niżowych to zaledwie 150 tys. litrów.

Nad Wisłą można spotkać jeszcze występującą tu jednak nielicznie wydrę. Stopniowo powiększają się tu populacje bobra i piżmaka. W dolinie rzeki występują też wszystkie rodzaje znanych na terenie Polski płazów i gadów. Największym bogactwem Wisły jest jednak ptactwo. Nad Wisłą w Warszawie można spotkać ponad 200 gatunków ptaków. To więcej niż w jakichkolwiek innych miejscach w Polsce. Rodzi się tu i bytuje 2/3 gatunków ptaków Polski, w tym wiele rzadkich i zagrożonych wyginięciem w Polsce i w Europie. Mają tu one doskonałe warunki nieuregulowany charakter rzeki bogaty w dogodne siedliska jak: w różnym stopniu pokryte roślinnością wyspy rzeczne, strome skarpy (miejsca lęgu zimorodka i brzegówki) oraz roślinność nadbrzeżna. Gniazduje tu 95% polskich mew pospolitych, 70% rybitw białoczelnych i ponad 50% rybitw zwyczajnych. Znajdują tu schronienie ptaki bardzo rzadkie, których liczebność na całym obszarze Polski nie przekracza 60 par. Występują tu zarówno gatunki wodne, jak i leśne i łąkowe. Poza tym jest to jeden z ważniejszych w Polsce korytarzy migracji wiosenno-jesiennej ptaków. Co ciekawe, duża ich część, tych stale mieszkających nad Wisłą, nie gniazduje na drzewach, lecz na ziemi. 
Wisła została ostatnią rzeką Europy, której krajobraz (w znacznej części) jest krajobrazem naturalnej, nieuregulowanej, dużej europejskiej rzeki.

Zdecydowanie najbardziej wartościowy przyrodniczo jest najdłuższy, środkowy odcinek rzeki (pomiędzy Zawichostem a Płockiem). Jest on uregulowany w bardzo małym stopniu, a rzeka ma swobodę działania w obrębie względnie szeroko rozstawionych wałów przeciwpowodziowych. Dzięki temu, na tym właśnie odcinku, zachodzą intensywne procesy samooczyszczania wody, powstają wyspy i piaszczyste łachy dające schronienie licznym przedstawicielom fauny i flory.

Wisła ciekawostki
Na rzece mieszczą się jej trzy zbiorniki - jezioro Czerniańskie, Goczałkowskie i Włocławskie.
Wisła przepływa przez liczne parki krajobrazowe. W stolicy znajduje się pięć plaż miejskich i jeszcze więcej dzikich. Wisła przepływa przez 8 województw. Pierwsza spisana wzmianka o rzece pochodzi z 7-5 roku p.n.e.