Kształcili się na niej m.in. Mikołaj Kopernik, Karol Wojtyła, Jan Długosz, Jan Kochanowski, Marcin Kromer, Mikołaj Rej, Jan III Sobieski, Bronisław Malinowski, Norman Davies. Początki uczelni sięgają 1364 roku, kiedy otrzymawszy wreszcie zgodę od papieża, Kazimierz Wielki założył uczelnię o nazwie Studium Generale, wzorowaną na Uniwersytecie Bolońskim. Była to druga – po uniwersytecie w Pradze – tego typu placówką w Europie Środkowej. Po śmierci króla wszechnica przestała działać. Dopiero po 30 latach, dzięki staraniom królowej Jadwigi, wznowiła działalność – już jako pełnoprawny średniowieczny uniwersytet. Na pierwszego rektora grono profesorskie wybrało współtwórcę międzynarodowego prawa Stanisława ze Skarbimierza. Powstały kolegia, w których zamieszkali profesorowie i bursy dla studentów.  Nadzór nad uczelnią z ramienia stolicy apostolskiej sprawował biskup krakowski.

Czasy rozkwitu Akademii Krakowskiej przypadają na wiek XV i XVI. Cieszy się renomą i przyciąga studentów z całej Europy. Ok. 44 proc. spośród wszystkich studiujących to cudzoziemcy. Nauki matematyczne, astronomiczne i geograficzne przeżywają swój renesans. To wtedy Mikołaj Kopernik tworzy teorię heliocentryczną, a Maciej Miechowita wydaje „Tractatus de duabus Sarmatiis...”, pierwszy systematyczny opis ziem między Wisłą, Donem a Morzem Kaspijskim. Ewenementem w skali europejskiej jest wprowadzenie nauki języków greckiego i hebrajskiego. Kryzys uczelni zaczął się w poł. XVI wieku, kiedy odrzuciła reformację. Ubyło jej wówczas wielu zagranicznych studentów. W kolejnym wieku do zdominowania Akademii Krakowskiej dążyli jezuici, a popierał ich król Zygmunt III. Niepowodzeniem skończyły się również próby sprowadzenia zagranicznych wykładowców w XVIII w. Udało się za to wprowadzić systematyczną naukę języków niemieckiego i francuskiego. Gruntowną reformę przeprowadził Hugo Kołłątaj. Dzięki niemu powstała nowa struktura organizacyjna, pierwsze laboratoria, Obserwatorium Astronomiczne, Ogród Botaniczny, kliniki. Rozpoczęto wykłady w języku polskim, w duchu filozofii oświeceniowej. W czasie trzeciego rozbioru uczelni groziło zamknięcie. Ocalała jednak dzięki m.in. profesorom Janowi Śniadeckiemu i Józefowi Boguckiemu, którzy interweniowali w tej sprawie w Wiedniu. Mimo wszystko polskość wszechnicy uległa zatarciu. Sytuacji nie zmieniło wcielenie Krakowa do Księstwa Warszawskiego. W 1846 r., po kolejnym wcieleniu miasta do Austrii, postępowała germanizacja uczelni. Położenie akademii uległo poprawie, kiedy Galicja uzyskała autonomię w ramach Monarchii Austro-Węgierskiej. Przywrócono wówczas język polski jako wykładowy. Na początku XX w. liczba katedr wzrosła trzykrotnie – do 97. Na uczelni studiowało ponad 3 tys. osób, głównie mężczyzn. Kobiety mogły podjąć studia od 1894 roku na Wydziale Farmacji. Legendarną pierwszą studentką pozostaje jednak Nawojka, która w XV wieku, w przebraniu chłopca, miała rozpocząć studia.

Dramatycznym okresem w historii uniwersytetu była II wojna światowa. W 1939 r. naziści, pod pretekstem wykładu, zgromadzili profesorów w Collegium Novum, a następnie aresztowali i wysłali do obozu koncentracyjnego. Uczelnia została zamknięta, a jej wyposażenie zniszczono, zdemontowano lub wywieziono do Niemiec. Wkrótce uniwersytet zaczął działać w podziemiu. W tajnym nauczaniu uczestniczyło ok. 800 studentów.