Rzeka dzieli miasto na część lewobrzeżną, położoną głównie na morenowej równinie denudacyjnej (wysokość do 115 metrów) oraz prawobrzeżną, leżącą w dolinie (wysokość do 90 metrów). W krajobrazie lewobrzeżnej Warszawy najbardziej charakterystyczna jest skarpa nadwiślańska (skarpa warszawska), będąca krawędzią równiny podciętej przez Wisłę od wschodu. Skarpa góruje od 10 do 25 metrów nad dnem doliny i biegnie w odległości od kilkudziesięciu metrów do kilku kilometrów od koryta rzeki. Szerokość koryta jest zmienna i wynosi od 1 kilometra na południu do 600-700 metrów na północy Warszawy, zwężając się nawet do około 350 metrów w okolicach mostu Śląsko-Dąbrowskiego. 

W dolinie Wisły w Warszawie występują niewielkie jeziora – pozostałości po starorzeczach. Są to m.in. jeziora Sporne i Żabie na wawerskich Zbytkach, jezioro Gocławskie, a także Kamionkowskie w Parku Skaryszewskim na prawym brzegu, zaś na brzegu lewym jezioro Powsinkowskie, Wilanowskie czy Czerniakowskie (będące rezerwatem). 

Płynięcie kajakiem przez Warszawę daje możliwość spojrzenia na miasto z zupełnie innej perspektywy. Możemy obserwować nie tylko architekturę centrum stolicy z widocznymi już z oddali wieżowcami z Pałacem Kultury i Nauki na czele, ale także wciąż dziką przyrodę na przedmieściach (niski stopień uregulowania rzeki, zarośla łęgowe, ptactwo nie dające spać mieszkańcom położonych nieopodal rzeki osiedli np. Tarchomina). 

Bieg Wisły pomiędzy Dęblinem a Płockiem, a tym samym także warszawski odcinek rzeki, zostały wpisane do Europejskiej Sieci Ekologicznej NATURA 2000 z wyznaczonym obszarem specjalnej ochrony ptaków (OSO) pod nazwą Dolina Środkowej Wisły. Wisła w stolicy jest też częścią Warszawskiego Obszaru Chronionego Krajobrazu, w którego skład wchodzą obszary o szczególnie zróżnicowanych ekosystemach, cenne ze względu na możliwość zaspokajania potrzeb związanych z wypoczynkiem i turystyką, a także pełniące funkcję naturalnego korytarza ekologicznego.