Mjr Zygmunt Szendzielarz został aresztowany przez funkcjonariuszy MBP 30 czerwca 1948 r. w Osielcu koło Makowa Podhalańskiego, gdzie się ukrywał. W trakcie śledztwa i ciężkich tortur trwających blisko dwa i pół roku zachował godną postawę, biorąc na siebie całkowitą odpowiedzialność za działania podległych mu oddziałów. 2 listopada 1950 r. skazany został przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie, z sędzią-katem Mieczysławem Widajem na czele, na osiemnastokrotną karę śmierci. Wyrok wykonany został 8 lutego 1951 r. w warszawskim więzieniu na Mokotowie.