Źródła i górny bieg
Źródła Warty znajdują się na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej w Kromołowie (w kaplicy św. Jana Nepomucena), dawnym mieście, obecnie przyłączonym do Zawiercia. Płynie wzdłuż krawędzi Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej. W Częstochowie rzeka zmienia kierunek biegu na wschodni, by za miastem spotkać się z Wyżyną Wieluńską (miejsce styku z Wyżyną Częstochowską), przełamując się przez nią głęboką na 70 m doliną – jest to Mirowski Przełom Warty. Pokonawszy go, łagodnie skręca na północ, a w okolicach Radomska na zachód. Następnie ponownie przełamuje się przez Wyżynę Wieluńską poprzez Działoszyński Przełom Warty, by nieco dalej przełamać się przez nią po raz trzeci, pokonując rozległy Łuk Załęczański i zawracając na krótko bieg o 180 stopni (na wschód). Pomiędzy miastem Warta a Skęczniewem tworzy zbiornik wodny „Jeziorsko”. Opuszczając ostatecznie wyżynę, obiera kierunek północny, niezmienny do wysokości miasta Koło, gdzie skręca na zachód, mija Konin i wpływa w Pradolinę Warciańsko-Odrzańską, tym samym kończąc swój górny bieg.

Odcinek środkowy
W pobliżu Śremu Warta wpływa w Poznański Przełom Warty. Po przepłynięciu przez Poznań, rzeka natrafia w okolicy Obornik na przeszkodę w postaci wyższego obszaru Pojezierza Południowopomorskiego i ponownie zmienia kierunek na zachodni wpływając w Pradolinę Toruńsko-Eberswaldzką.

Odcinek dolny
Na początku dolnego biegu rzeki, w miejscowości Santok, do Warty uchodzi jej największy dopływ – Noteć. Po przepłynięciu przez Gorzów Wielkopolski Warta wpływa w obszar, na którym został utworzony Park Narodowy Ujście Warty, po czym w Kostrzynie nad Odrą uchodzi do Odry. Co ciekawe odległość od źródeł Warty do spotkania z Odrą jest większa niż Odry od jej źródeł do tego samego miejsca.