Pytany o to, dlaczego zatem Instytut Pamięci Narodowej tak często jest atakowany i wzbudza tak silne emocje, Płużański podkreśla, że wszystko ma związek jeszcze z poprzednim systemem.

IPN to jest jedna z kluczowych instytucji polskich, jeżeli chodzi o polską pamięć. Tę pamieć odkłamuje. Żadna inna instytucja tyle nie robi dla naszej historii, dla naszej tożsamości co właśnie IPN. Jest to jedna z dwóch instytucji, które powstały po 1989 roku. Cała reszta przeszła do nas razem z tym układem PRL-owskim. Tylko IPN i CBA to są instytucje nowe. [...]  przez wiele lat było tak, że właśnie CBA i IPN to były te jedyne polskie instytucje, które powstały od zera, od podstaw. Zapewne dlatego są od początku swojego istnienia atakowane
- tłumaczył Płużański.

Odnosząc się z kolei do kwestii ujawnianych przez IPN materiałów, Tadeusz Płużański podkreśla, że wiele dokumentów, które dzięki pracy i zaangażowaniu historyków Instytutu Pamięci Narodowej mogła poznać opinia publiczna, miała nigdy nie ujrzeć światła dziennego.

To jest cały wielki pion edukacyjny, to jest archiwum, w którym można znaleźć szereg materiałów, które miały zniknąć, miały zostać zniszczone, a jednak udało się je ocalić. To jest w końcu pion śledczy. Tutaj oczywiście możemy mieć szereg pytań, szereg uwag co do działania tego pionu śledczego, ale rzeczywiście przynajmniej śledztwa w sprawie niemiecko-nazistowskich, komunistycznych a też ukraińskich nacjonalistów są wszczynane. Efekt jest raczej mizerny, natomiast rzeczywiście chociaż tę fazę początkową te śledztwa przechodzą. Generalnie IPN jest atakowany ze względu na teczki. To jest ten główny, ten element, który jest solą w oku komunistów. IPN jest solą w oku przede wszystkim dla komunistów, dla postkomunistów ze względu na swoje niezwykłe zbiory i ze względu na to, że mówi się wreszcie prawdę o Armii Krajowej, o Narodowych Siłach Zbrojnych i o Żołnierzach Wyklętych. Nie zawsze tak było w IPN-ie. Pamiętamy, że te początki były trudne. [...] „Gazeta Wyborcza” i środowiska wokół niej skupione od początku chciały likwidacji IPN-u. To dzisiaj się powtarza w tekstach, słowach pana profesora Grabowskiego. On jest związany właśnie z tym środowiskiem, on dzisiaj mówi otwarcie, że IPN trzeba zamknąć, ale nie jest pierwszym w tej retoryce. Adam Michnik, Platforma Obywatelska, Grzegorz Schetyna w to się też wpisał.
- tłumaczył Tadeusz Płużański.