Po wojnie János Esterházy został wydany przez Gustawa Husaka w ręce NKWD. Przewieziono go na Łubiankę, gdzie przez cztery miesiące był brutalnie przesłuchiwany. Został skazany na 10 lat łagru. W tym samym czasie słowacki sąd skazał go zaocznie na karę śmierci. Wrócił na Słowację w 1949 r. Karę śmierci zamieniono na dożywocie. Zmarł wskutek wycieńczenia i chorób w więzieniu o zaostrzonym rygorze w Mírovie w 1957 r.

Właśnie trwa proces beatyfikacyjny Sługi Bożego Jánosa Esterházego. W Krakowie zaprzysiężeni zostali członkowie Komisji Historycznej. Jej przewodniczącym został dr hab. Arkadiusz Adamczyk z Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach. W skład Komisji weszli także: dyrektor Instytutu Węgierskiego w Bratysławie dr Imre Molnar, sekretarz Episkopatu Słowacji dr Dariusz Żuk-Olszewski, dr Soós Viktor Attila z węgierskiego Komitetu Pamięci Narodowego oraz kanclerz Uniwersytetu Ekonomicznego w Pradze dr Andrzej Toth. Wszyscy oni złożyli przysięgę, że będą wiernie wypełniać powierzone im zadania i dochowają tajemnicy. W uroczystości, która odbyła się w kaplicy Domu Biskupów Krakowskich przy Franciszkańskiej 3 uczestniczyli: sekretarz stanu w Urzędzie Premiera Węgier ds. Kościołów, Mniejszości Narodowych i Spraw Obywatelskich Miklós Soltész i konsul generalna Węgier w Krakowie Adrienne Koermendy.

Metropolita krakowski abp Marek Jędraszewski mówił, że

życie każdego z nas ma być odbiciem światłości Chrystusa. Takim światłem w czasach bardzo trudnych dla Europy Środkowo-Wschodniej był János Esterházy. Swoim życiem uobecniał, co to znaczy być świadkiem Chrystusa i znakiem jego krzyża.

Postulator procesu o. Paweł Cebula powiedział, że tym, co charakteryzowało Jánosa Esterházego była wierność Ewangelii i prawdzie.

Zawsze odważnie stawał w obronie Ewangelii i prawdy. Widać to wyraźnie w akcie oskarżenia z Moskwy, że jednym z powodów skazania go była obrona prawdy o Katyniu. János przez lata umierał w mękach na gruźlicę, a mimo to zawsze modlił się za swoich prześladowców, którzy robili mu nadzieję, że opuści więzienie na mocy amnestii. Inni wychodzili, on zostawał.

– dodał.

Musimy zgromadzić świadectwa pozostawione przez samego Sługę Bożego Jánosa Esterházego i zebrać pisemne relacje jego najbliższych, m.in. sióstr Maryszki i Luizy, oraz relacje tych osób, które działały z nim w polityce oraz współwięźniów. Bardzo ważne będą wszelkie dokumenty wytworzone przez Służbę Bezpieczeństwa i jego oprawców. Do części z nich – tych w Moskwie – pewnie nie będziemy mieć dostępu.

– stwierdził przewodniczący Komisji Historycznej dr hab. Arkadiusz Adamczyk.

Esterházy za niesienie pomocy polskim uchodźcom w czasie II wojny światowej został pośmiertnie odznaczony w 2009 r. przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.