Jan Rodowicz po klęsce wrześniowej wstąpił do Szarych Szeregów. Uczestniczył w wielu akcjach sabotażowych. W 1942 roku wziął udział w II turnusie Zastępczego Kursu Szkoły Podchorążych Rezerwy Piechoty Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej „Agricola”, uzyskał wówczas awans na plutonowego podchorążego. Był adeptem kursów wyszkolenia bojowego i wielkiej dywersji. W listopadzie 1942 roku mianowano go zastępcą dowódcy 2. drużyny Feliksa Pendelskiego w Hufcu Centrum Grup Szturmowych Szarych Szeregów.

Przeprowadził z drużyną dużo akcji bojowych m.in. uczestniczyli w akcji pod Arsenałem, podczas której odbito z rąk niemieckich Jana Bytnara „Rudego”; akcji „Celestynów”, mającej na celu odbicie więźniów przewożonych do obozu koncentracyjnego Auschwitz oraz w akcji „Taśma” – atak na posterunek niemiecki w Sieczychach.

We wrześniu 1943 roku został zastępcą dowódcy 3. plutonu Konrada Okolskiego 1. kompanii, którą dowodził Sławomir Bittner ps. Maciek. W listopadzie awansował na stopień sierżanta podchorążego i otrzymał funkcję p.o. dowódcy plutonu „Ryszard” 2. kompanii „Rudy”.

W tamtym czasie przygotowywał akcję uwolnienia więźniów pod Milanówkiem, ataku na posterunek żandarmerii niemieckiej oraz w wysadzenie przepustu kolejowego pod Rogoźnem. Równocześnie w pierwszej połowie 1944 roku wspólnie ze swoim plutonem odbył szkolenie wojskowe w Puszczy Białej.

Po wybuchu Powstania początkowo walczył na Woli, gdzie był zastępcą dowódcy 3. plutonu „Felek” 2. kompanii „Rudy” Batalionu „Zośka”. Brał m.in. udział w walkach o Cmentarz Ewangelicki, a 9 sierpnia został ciężko ranny w czasie ataku na szkołę przy ul. Spokojnej. 11 sierpnia został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari V klasy. Otrzymał także stopień porucznika.

31 sierpnia po ewakuacji Starówki przedostał się kanałami wraz z grupą rannych żołnierzy Batalionu „Zośka” na Śródmieście. Na tydzień trafił do szpitala przy ul. Hożej, a później dołączył do kolegów walczących na Czerniakowie. 15 września został ponownie ranny, podobnie jak następnego dnia podczas transportu do szpitala. Nocą z 17 na 18 września żołnierze armii Berlinga przewieźli go pontonem przez Wisłę na Pragę. Później przybywał na leczeniu w Otwocku, skąd powrócił na początku 1945 roku do rodziny w Milanówku. Odnowił kontakty z współtowarzyszami z Batalionu „Zośka” m.in. Henrykiem Kozłowskim ps. Kmita, który polecił go na dowódcę oddziału dyspozycyjnego szefa Obszaru Centralnego Delegatury Sił Zbrojnych płk Jana Mazurkiewicza. Rodowicz zajmował się tam m.in. akcjami propagandowymi przeciwko władzom komunistycznym oraz ochroną odpraw szefostwa Delegatury.

W sierpniu 1945 roku po rozwiązaniu DSZ przeprowadził się do Warszawy, gdzie wspólnie z członkami Batalionu „Zośka” nadzorował ekshumację i pochówek poległych współtowarzyszy na stołecznych Powązkach.

We wrześniu 1945 roku po apelu płk. Mazurkiewicza ujawnił się przed Komisją Likwidacyjną AK Okręgu Centralnego, z którą później przez pewien czas współpracował. W tym okresie zajmował się także spisywaniem list poległych i zaginionych żołnierzy Batalionu „Zośka” i współtworzył Archiwum Baonu Zośka. Rozpoczął również studia na Wydziale Elektrycznym Politechniki Warszawskiej, z którego w kolejnym roku przeniósł się na Wydział Architektury.

24 grudnia 1948 roku został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa i przewieziony do gmachu Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, gdzie poddano go brutalnemu śledztwu.

Jan Rodowicz zginął w niejasnych okolicznościach 7 stycznia 1949 roku. Zdaniem prokuratury i UB wyskoczył z IV piętra budynku. Według wielu hipotez został z niego wypchnięty. 12 stycznia jego zwłoki w tajemnicy przewieziono do zakładu pogrzebowego, a później anonimowo pochowano na Cmentarzu Powązkowskim. Bliscy o jego śmierci dowiedzieli się dopiero 1 marca. 16 marca odbyła się ekshumacja i przeniesienie zwłok do rodzinnego grobu na Starych Powązkach.

W czasie obchodów 64. rocznicy wybuchu Powstania Warszawskiego prezydent Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie Jana Rodowicza Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.