Kiedy w 2002 roku prezydentem Warszawy został Lech Kaczyński obiecał on powstańcom, że Muzeum zostanie wybudowane na 60. rocznicę wybuchu powstania warszawskiego. I tak się stało!

W roku 2003 roku Jan Ołdakowski wspólnie z Pawłem Kowalem, Leną Dąbkowską-Cichocką i Joanną Bojarską opracowali koncepcję przyszłego Muzeum. W lipcu tego samego roku zapadły najważniejsze decyzje: powołano pełnomocnika ds. budowy Muzeum Powstania Warszawskiego (którym został Ołdakowski), przeznaczono na siedzibę Muzeum zabytkowy budynek dawnej Elektrowni Tramwajowej, powołano Radę Honorową i Radę Programową Muzeum Powstania Warszawskiego.

Dzięki olbrzymiemu wysiłkowi i poświęceniu ludzi zaangażowanych w realizację projektu 31 lipca 2004 – dzień przed 60. rocznicą powstania warszawskiego – prezydent Kaczyński otworzył Muzeum Powstania Warszawskiego. Dziś wspominał te czasy Jan Ołdakowski – dyrektor Muzeum Powstania Warszawskiego.

Został zapytany, czy dziś śp. prezydent Kaczyński byłby wzruszony.

Myślę, że byłby, bo on o coś takiego walczył. On był niesamowitym menadżerem, bo on nigdy nie mówił, jakimi metodami mamy to osiągnąć. On chciał, żebyśmy, jak budując Muzeum Powstania Warszawskiego, zrobili obchody powstania powszechne, żeby oddać hołd powstańcom, żeby to muzeum działało. Zawsze jak mówiliśmy co robimy, to on się śmiał z nas, że zrobiłby to bardziej tradycyjnie, bliżej Muzeum Narodowego, ale jeżeli będziemy mieli efekt, to spełnimy jego oczekiwania. On był niesamowity, bo zamawiał u nas efekt, a nie sposób, w jaki to mamy osiągnąć

– powiedział Ołdakowski w rozmowie z Łukaszem Mężykiem w programie „Tłit” WP.