Negocjacje rządu z delegacją Stolicy Apostolskiej rozpoczęły się w lutym 1993 r. Zespołowi rządowemu przewodniczył ówczesny minister spraw zagranicznych Krzysztof Skubiszewski, a kościelnemu – ówczesny nuncjusz apostolski w Polsce abp Józef Kowalczyk. Umowa została podpisana 28 lipca 1993 r.

Ratyfikacji konkordatu przeszkodziło wówczas wotum nieufności dla rządu Hanny Suchockiej. Kiedy władzę objęła koalicja SLD-PSL, domagała się wpisania do konkordatu deklaracji interpretacyjnej. Watykan się na to nie zgodził, gdyż - jak utrzymywał - dokument jest wystarczająco jasny. Posłowie SLD zwracali uwagę na konieczność uprzedniego uchwalenia ustaw okołokonkordatowych (dostosowujących polskie prawo do konkordatu). Ostatecznie konkordat został przyjęty przez parlament 8 stycznia 1998 r., a sześć tygodni później ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski podpisał dokument ratyfikacyjny. Umowa weszła w życie 25 kwietnia 1998 roku.

Skubiszewski podczas ceremonii podpisania konkordatu mówił, że "istniejąca od dwóch tysiącleci Stolica Apostolska i tysiącletnie Państwo Polskie znowu wiążą się ze sobą w wypróbowanej formie prawnej, jaką jest konkordat. Jest to pewien powrót, bo związujemy to, co zostało zerwane. Lecz przede wszystkim jest to wytyczenie drogi, którą pójdziemy" - podkreślił.

Minister nawiązywał do konkordatu zawartego przez Polskę i Watykan 1925 roku. Składał się on z 27 artykułów. Pierwszy z nich głosił:

"Kościół katolicki, bez różnicy obrządków, korzystać będzie w Rzeczypospolitej Polskiej z pełnej wolności. Państwo zapewnia Kościołowi swobodne wykonywanie jego władzy duchownej i jego jurysdykcji, jak również swobodną administrację i zarząd jego sprawami i jego majątkiem, zgodnie z prawami boskimi i prawem kanonicznym".

W 1945 r. nowa władza zerwała tę umowę.

Ks. prof. Wojciech Góralski, jeden z negocjatorów umowy z 1993 r., podkreśla, że Polska i Stolica Apostolska podpisały nowy model konkordatu, przygotowany na podstawie nauczania Soboru Watykańskiego II. W przeciwieństwie do konkordatu z 1925 r. w obecnym nie ma mowy o żadnych przywilejach.

- Fundamentalny jest zapis art. 1, który głosi zasadę niezależności i autonomii państwa i Kościoła – każdego w swojej dziedzinie. Równa się to zasadzie separacji Kościoła i państwa, ale nie tak jak to było w czasach PRL - wyłącznie Kościoła od państwa, chodzi o separację paralelną, także państwa od Kościoła. Jednocześnie jest to zasada separacji przyjaznej, która dopuszcza współdziałanie dla rozwoju człowieka i dobra wspólnego

 – powiedział PAP ks. prof. Góralski.

Na mocy konkordatu Polska uznała osobowość prawną Kościoła katolickiego i zagwarantowała mu swobodne sprawowanie jego misji. Uregulowano m.in. sprawy nauczania religii w szkołach publicznych, zakładania i prowadzenia kościelnych placówek oświatowych i wychowawczych, duszpasterstwa w szpitalach, wojsku, więzieniach. Uznana została prawomocność małżeństwa kościelnego, potwierdzono prawo Kościoła do posiadania mediów oraz audycji w programach państwowego radia i telewizji. Dokument zawiera też zapisy dotyczące mianowania biskupów, organizacji diecezji.

Zwolennicy konkordatu podkreślają, że reguluje on relacje Polski i Stolicy Apostolskiej, potwierdza ich autonomię we wzajemnych stosunkach, nakłada na Kościół katolicki także zobowiązania wobec państwa. Niektóre środowiska lewicowe domagają się jednak wypowiedzenia przez Polskę konkordatu, gdyż – ich zdaniem – jest on korzystny tylko dla Kościoła.