Po odzyskaniu niepodległości przez Rzeczpospolitą Mohuczy objął funkcję dowódcy Kadry Marynarki Wojennej w Toruniu. W okresie wojny polsko-bolszewickiej walczył pod Grodnem, został odznaczony Orderem Virtuti Militari V kl. Wykładał administrację morską, taktykę i strategię dla oficerów marynarki. Wydawał podręczniki, część prac tłumacząc z języka rosyjskiego. Odbył kolejne studia w Wyższej Morskiej Szkole Wojennej w Paryżu, a po powrocie został  komendantem Portu Wojennego w Pucku.

Był autorem planu obrony Helu i Gdyni, zakładającym m.in. instalację artylerii nadbrzeżnej i przeciwlotniczej. W 1929 roku skierowano go do zarządzania Państwową Szkołą Morską w Tczewie. Po wybuchu wojny objął funkcję prokuratora w Morskim Sądzie Wojennym. Brał udział w obronie Helu, a po kapitulacji wraz z grupą oficerów i marynarzy podjął nieudaną próbę ucieczki na kutrze rybackim. Do końca wojny więziono go w obozie jenieckim, w którym był współorganizatorem działalności oświatowej i konspiracyjnej.

Po zakończeniu wojny został dowódcą Marynarki Wojennej, przygotował plan jej rozbudowy.

W 1949 r. został aresztowany, poddany torturom i oskarżony o działalność sabotażową „uniemożliwiającą prawidłowe funkcjonowanie i rozwój Marynarki Wojennej”. Wyrokiem Najwyższego Sądu Wojskowego został skazany na 13 lat więzienia. Podczas pobytu w zakładzie karnym w Sztumie stan jego zdrowia uległ pogorszeniu. 7 maja 1953 r. zasłabł podczas spaceru na podwórzu więziennym i został przez innych więźniów przeniesiony do celi. Zmarł bez udzielenia pomocy lekarskiej. Spoczął w grobie rodzinnym drugiej żony na Cmentarzu Bródnowskim w Warszawie.