Nie tylko współpraca Służby Kontrwywiadu Wojskowego z rosyjską Federalną Służbą Bezpieczeństwa za czasów PO-PSL budzi poważne wątpliwości. SKW z tego czasu ma znacznie więcej na sumieniu.

Jedną z bardziej kompromitujących spraw jest doprowadzenie do dymisji wiceministra obrony narodowej gen. Waldemara Skrzypczaka. To współpracownik SKW z bliskiego otoczenia generała wplótł go w sieć intryg i przeprowadził prowokację. Wątpliwości budzi też motywacja SKW, która mogła działać na zlecenie przedstawicieli sektora zbrojeniowego chcących „odstrzelić” Skrzypczaka. Służbę kompromituje też próba sprzedaży przez jednego z jej współpracowników dokumentacji medycznej ówczesnego szefa Sztabu Generalnego WP. Wiem o tym, bo i mnie proponowano zakup tych materiałów. Nikt nie został jednak za to pociągnięty do odpowiedzialności, a sprawę zamieciono pod dywan.