Zgodnie z umową o wspólnym prowadzeniu Muzeum, MKiDN zobowiązało się przekazać w latach 2016-2018 środki w wysokości 35 mln zł w formie dotacji celowej na wykonanie prac inwestycyjnych, budowlanych i adaptacyjnych oraz wyposażenia Muzeum w zakresie umożliwiającym rozpoczęcie działalności wystawienniczej, kulturalnej, naukowej i edukacyjnej, w tym organizację i wyposażenie wystawy stałej. Do tej pory MKiDN przekazało MŻW w Ostrołęce ponad 25 mln zł na prace budowlane i adaptacyjne. To 72 proc. zaplanowanych dla Muzeum środków.

Budowa Muzeum Żołnierzy Wyklętych jest finansowana wyłącznie ze środków MKIDN, a fakt, że jest ona realizowana – to wynik decyzji i osobistego zaangażowania ministra kultury i dziedzictwa narodowego, który wielokrotnie dawał dowód swojego zainteresowania postępem prac w Muzeum oraz przygotowaniem jego wystawy stałej.

MKiDN jest nie tylko zainteresowane przedłużeniem umowy o współprowadzeniu inwestycji w MŻW, ale również nową umową o współprowadzeniu z miastem Muzeum Żołnierzy Wyklętych po jego otwarciu. Jednocześnie MKiDN zwraca uwagę, że nie ma prawnej możliwości, aby resort przejął prowadzenie Muzeum Żołnierzy Wyklętych. Nie można bowiem upaństwowić ani znacjonalizować majątku samorządowego, a Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce jest własnością samorządu.