Muzeum Historii Polski zostało powołane 2 maja 2006 r. Od początku działalności zaczęło prowadzić zarówno prace związane z tworzeniem siedziby i wystawy stałej, jak i bieżącą działalność wystawienniczą, edukacyjną, naukową i związaną z promocją dziedzictwa historycznego za granicą - przedstawiając najważniejsze wątki polskiej historii – państwa i narodu.

Konkurs architektoniczny na projekt przyszłego gmachu muzeum rozstrzygnięto w 2009 r. - zwyciężyła praca zespołu Paczowski et Fritsch Architectes z Luksemburga. Zgodnie z projektem budynek muzeum miał stanąć w pobliżu Zamku Ujazdowskiego, nad Trasą Łazienkowską jednak decyzja o finansowaniu budowy została wstrzymana w 2010 r., a MHP zostało usunięte z listy projektów priorytetowych, które miały być realizowane ze środków europejskich.

Wiosną 2015 r. rozpoczęły się rozmowy dotyczące nowej lokalizacji muzeum na terenie Cytadeli Warszawskiej. 29 stycznia 2016 r. w obecności ministra Glińskiego podpisano umowę ws. wykonania projektu siedziby Muzeum Historii Polski w Warszawie. 

Na początku lipca na Cytadeli Warszawskiej wicepremier, minister kultury, dyrektor Muzeum Historii Polski, wiceminister kultury Jarosław Sellin, wojewoda mazowiecki Zdzisław Sipiera, prezes zarządu firmy Budimex S.A. symbolicznie "wbili pierwszą łopatę" w miejscu budowy muzeum.

Gmach MHP będzie mieścić się na terenie Cytadeli Warszawskiej (tzw. Park Niepodległości). Znajdą się tam też istniejące już Muzeum X Pawilonu i Muzeum Katyńskie oraz jest budowana nowa siedziba Muzeum Wojska Polskiego.