Do batalionu „Zośka” Baczyński zgłosił się latem 1943 r. Jego dowódcą został Juliusz Deczkowski „Laudański”. W mieszkaniu Baczyńskich zrobiono skrytkę na broń, mapy, podręczniki wojskowe i prasę konspiracyjną. W październiku Krzysztof rozpoczął naukę strzelania w wygłuszonej materacami piwnicy domu na Wierzbnie. Skończył kurs podchorążówki „Agricoli”. Brał udział w wielu akcjach m.in. „Tłuszcz-Urle” – zamachu na pociąg niemiecki, podczas której był w grupie odwodowej, która obrzucała wykolejony pociąg granatami. Baczyński był astmatykiem, coraz częściej chorował. W lipcu 1944 r. Andrzej Romocki „Morro” zwolnił go z funkcji w kompanii drugiej z powodu „małej przydatności w warunkach polowych”. Poprosił, aby objął „nieoficjalne stanowisko szefa prasowego kompanii”. Baczyński odmówił i przeszedł do „Parasola”. Krzysztof mawiał często: „Dlaczego inni mają walczyć, a ja mam stać z boku?”.

Jego dowódca Juliusz Deczkowski twierdził, że Baczyński nie uważał poezji za swoje powołanie. Jego wielkim pragnieniem było zostać żołnierzem. Przed wybuchem Powstania nie mógł pojechać do matki pożegnać się. Napisał do niej, żeby się tym nie martwiła:

Pomyśl, że to wszystko są głupstwa wobec tego, co się dzieje z narodem, państwem, ze światem…

Wybuch Powstania Warszawskiego zaskoczył Baczyńskiego w rejonie Placu Teatralnego. Nie mogąc przedostać się na miejsce koncentracji macierzystej jednostki na Woli przyłączył się do oddziału złożonego z ochotników, którymi dowodził ppor. „Leszek” Lesław Kossowski.

Poeta zginął 4 sierpnia 1944 roku około godziny 16. Trafił go niemiecki snajper strzelający z gmachu Teatru Wielkiego. 1 września od odniesionych ran zmarła jego ukochana żona, Barbara.

28 grudnia 1946 r. rozpoczęły się ekshumacje na terenie Ratusza, ale rodzina w żadnym z wykopanych szczątków nie rozpoznała poety. 29 grudnia w nocy jego teściowej, Feliksie Drapczyńskiej, przyśnił się Krzysztof. Był w panterce, pochylił się nad nią i powiedział: „Mamo, ja leżę drugi od brzegu".

Na drugi dzień cała rodzina poszła do Ratusza. Otwarto „drugą z brzegu” trumnę, w okolicach szyi powstańca zobaczono dziwną grudkę ziemi, kiedy ją rozgnieciono ze środka wypadł medalik Baczyńskiego z pierwszej komunii, z jego inicjałami.

Pokolenie

(…) Nas nauczono. Nie ma litości.

Po nocach śni się brat, który zginął,

któremu oczy żywcem wykłuto,

któremu kości kijem złamano;

i drąży ciężko bolesne dłuto,

nadyma oczy jak bąble — krew.

 

Nas nauczono. Nie ma sumienia.

W jamach żyjemy strachem zaryci,

w grozie drążymy mroczne miłości,

własne posągi — źli troglodyci.

 

Nas nauczono. Nie ma miłości.

Jakże nam jeszcze uciekać w mrok

przed żaglem nozdrzy węszących nas,

przed siecią wzdętą kijów i rąk,

kiedy nie wrócą matki ni dzieci

w pustego serca rozpruty strąk.

 

Nas nauczono. Trzeba zapomnieć,

żeby nie umrzeć rojąc to wszystko.

Wstajemy nocą. Ciemno jest, ślisko.

Szukamy serca — bierzemy w rękę,

nasłuchujemy: wygaśnie męka,

ale zostanie kamień — tak — głaz.

 

I tak staniemy na wozach, czołgach,

na samolotach, na rumowisku,

gdzie po nas wąż się ciszy przeczołga,

gdzie zimny potop omyje nas,

nie wiedząc: stoi czy płynie czas.

Jak obce miasta z głębin kopane,

popielejące ludzkie pokłady

na wznak leżące, stojące wzwyż,

nie wiedząc, czy my karty iliady

rzeźbione ogniem w błyszczącym złocie,

czy nam postawią, z litości chociaż,

nad grobem krzyż.