Kovac obecnie jest szkoleniowcem Eintrachtu Frankfurt, który w tabeli Bundesligi zajmuje piąte miejsce i ma szansę awansować do Ligi Mistrzów. Pracę w Bayernie Chorwat rozpocznie 1 lipca, podpisał trzyletnią umowę.

"Niko był piłkarzem Bayernu, zna bardzo dobrze najważniejsze osoby, strukturę i DNA klubu. Jesteśmy przekonani, że jest odpowiednim trenerem dla nas na przyszłość"

- powiedział dyrektor sportowy Hasan Salihamidzic.

W latach 2001-2003 Kovac rozegrał w barwach Bayernu 34 mecze w Bundeslidze, w których zdobył trzy bramki. W 2002 roku cieszył się z tytułu mistrza kraju wraz z bratem Robertem, który jest jego asystentem w Eintrachcie i także przeniesie się do Monachium.