W licznych publikacjach eksperckich w europejskich mediach dominuje bardzo krytyczny odbiór tej ekspozycji. Dobór obiektów, ilustracji i tematów, jak też sposób zwiedzania z pomocą urządzenia multimedialnego (gdzie artefakty i ich komentowanie stanowią dwie nieskorelowane wzajemnie rzeczywistości) sprawiają, że wizyta w tym muzeum nie wiąże się z pozytywnymi emocjami.

Wicepremier Piotr Gliński przytoczył w liście kilka przykładów uwag do wystawy. 

– prezentacja, ilustrowanie i wyjaśnienie ciągu przyczynowo-skutkowego wielu wątków często są niespójne i wyrywkowe, przez co odwiedzający jest zagubiony i ma poczucie chaosu informacyjnego;
– brak jest działu dotyczącego historii kultury europejskiej, jej roli w rozwoju cywilizacji Europy, jak również brak jest podkreślenia rozwoju i osiągnięć nauki i edukacji na naszym kontynencie; nie pojawiają się żadne wzmianki o wybitnych przedstawicielach europejskiego świata sztuki, takich na przykład jak William Shakespeare, Johann Wolfgang Goethe, Fryderyk Chopin;
– rola chrześcijaństwa, które przez wieki było podstawą rozwoju cywilizacji europejskiej i do dziś jest najpopularniejszym wyznaniem mieszkańców Europy, jest – wbrew prawdzie historycznej – zaprezentowana w sposób bardzo selektywny i negatywny, jako źródło opresji oraz przyczyna cierpień i dyskryminacji milionów kobiet;
– okres rozwoju Europy przed rewolucją francuską został zaprezentowany jako okres zniewolenia przez monarchie i uciskania przez Kościół, dopiero rewolucja miała zapoczątkować właściwy i pełny rozwój kontynentu i stać się źródłem pełnego rozwoju człowieka, wolności, równości i braterstwa; w ten sposób fałszywie przedstawia się korzenie najszlachetniejszych idei, jakie wytworzyła cywilizacja europejska, jak na przykład idea praw człowieka, personalizmu, uniwersytetu, które powstały długo przed końcem XVIII wieku, a także nie zauważa się korzeni totalitaryzmów XX-wiecznych, których doszukiwać się można np. w praktykach i poglądach jakobinizmu;
– w części dotyczącej filozofów są opisy tylko dwóch postaci: Arystotelesa i – z nieznanych powodów – Słavoja Żiżka, pominięto wiele innych wybitnych postaci, chociażby Immanuela Kanta, Monteskiusza, Erazma z Rotterdamu i wielu innych;
– wkład wielu krajów i narodów europejskich w rozwój Europy został pominięty (rola np. Hiszpanii, Portugalii, krajów Skandynawskich), albo ich historia została niewłaściwie przedstawiona: np. Polska nie była nowym krajem powstałym w wyniku zakończenia I wojny światowej, lecz w 1918 r. odzyskała niepodległość po 123-letnim okresie zaborów, a państwowość Polski liczy ponad 1050 lat;
– o najważniejszym Polaku w dziejach, a przy tym postaci niezwykle zasłużonej dla zjednoczenia Europy, czyli papieżu Janie Pawle II (Karol Wojtyła) w ogóle nie wspomniano; Józef Piłsudski, druga najpopularniejsza postać w polskich dziejach, został fałszywie przedstawiony jako faszysta;
– brak jest wskazania na faktyczną bezpośrednią przyczynę II wojny światowej, czyli pakt Ribbentrop-Mołotow oraz stanowiące jego konsekwencję agresje Niemiec (1.09.1939 r.) i Związku Sowieckiego (17.09.1939 r.) na Polskę;
– przedstawiono Polskę, Francję i Ukrainę jako państwa i narody współwinne za Holocaust, zaś Niemcy w tym kontekście są zaprezentowane wyłącznie jako kraj, który we wzorcowy sposób kultywuje pamięć o Holokauście;
– z narracji wystawy wynika, że największymi ofiarami II wojny światowej byli Niemcy, bez wskazania ich roli jako agresorów i inicjatorów II wojny światowej oraz bez wyliczenia cywilnych ofiar niemieckich działań wojennych w całej Europie;
– komunizm jest przedstawiony w pozytywnym kontekście, nie wspomina się o milionach ofiarach tego zbrodniczego systemu i innych jego wypaczeniach.


Gliński zaznaczył też, że jego głos nie jest wyłącznie jednostronnym głosem z Polski, ale  dotyczy większości wątków tematycznych wystawy, również tych niezwiązanych z Polską i Europą Środkową. Dodał, że narracja wystawy Domu Historii Europy zawiera podstawowe błędy w odniesieniu do wszystkich narodów Europy i jej wartości uniwersalnych, a także przedstawia religię i ideę narodu jako źródła wszelkiego zła w dziejach naszego kontynentu.
 

Szanowny Panie Przewodniczący,
Zadanie przedstawienia złożonej i burzliwej historii cywilizacji Europy w jednym, ograniczonym przestrzenią miejscu jest trudnym wyzwaniem. Jestem przekonany, że pomimo wielu ograniczeń, przy spełnieniu podstawowego dla historyków warunku, jakim jest wierność prawdzie będzie możliwe spełnienie oczekiwań i osiągnięcie sukcesu.
Uważam, że obecna ekspozycja Domu Historii Europy nie jest godna ani tej nazwy, ani tym bardziej patronatu Parlamentu Europejskiego. Liczę, że uda się Parlamentowi Europejskiemu szybko zweryfikować założenia istniejącej ekspozycji i w wyniku szerokich konsultacji naukowych pokazać prawdziwą Historię Europy.

– zakończył wicepremier.