Po wybuchu Powstania Warszawskiego oraz po jego stłumieniu Niemcy deportowali z Warszawy ok. 550 tys. mieszkańców i ok. 100 tys. ludzi z najbliższych okolic miasta. Skierowano ich do specjalnie w tym celu uruchomionego obozu przejściowego w Pruszkowie. 55 tys. osób wywieźli stamtąd do obozów koncentracyjnych, z czego ok. 13 tys. do Auschwitz.

Niemcy umieścili warszawiaków w Auschwitz II-Birkenau. Wśród przywiezionych były osoby z różnych środowisk - urzędnicy państwowi, naukowcy, artyści, lekarze, handlowcy, robotnicy. Byli ranni, chorzy, inwalidzi, kobiety ciężarne. Deportowano od kilkutygodniowych niemowląt po osoby w wieku ok. 90 lat. Wśród przywiezionych zdecydowaną większość stanowili Polacy. Zdarzały się jednak przypadki, że do Auschwitz trafiały osoby innych narodowości, wśród nich Żydzi, ukrywający się na tzw. aryjskich papierach.

W najliczniejszych transportach, 12 i 13 sierpnia, Niemcy przywieźli ok. 4 tys. kobiet i 2 tys. mężczyzn. Wśród nich było ok. 1 tys. dzieci obojga płci. 4 września z Pruszkowa dotarł kolejny transport liczący 3087 dzieci, kobiet, mężczyzn. 13 i 17 września deportowano dalsze 4 tys. osób.

Jednym z deportowanych był Bogdan Bartnikowski, który miał wówczas 12 lat. Był łącznikiem w Powstaniu Warszawskim. Niemcy przywieźli go do obozu wraz z matką. Podczas uroczystości 72. rocznicy wyzwolenia Auschwitz, 27 stycznia br., wspominał dzień deportacji: 

Jestem numer 192 731. Mam obok numeru czerwony winkiel z literą "P". Wszystko to razem oznacza, że jestem polnische Banditen aus Warschau. Mam 12 lat, jestem polskim bandytą z Warszawy. Dwa dni wcześniej, zanim dostałem ten numer, miałem jeszcze rodziców, miałem dom, żyłem - jak w trudnych warunkach okupacji można powiedzieć - w miarę spokojnie. Ale to wszystko było dwa dni temu. Dzisiaj mam 12 lat i jestem w Birkenau. Idę długim korytarzem, a właściwie drepczę w tłumie nagich, brudnych, spoconych kobiet, które razem ze mną przyjechały tu z warszawskiej Woli i Ochoty. W nocy z 11 na 12 sierpnia 1944 r. – mówił.

Henryk Duszyk został deportowany z siostrą Apolonią, macochą Genowefą i ojcem Marianem. Jego najbliżsi zginęli.

Choć w Auschwitz-Birkenau uwięziony zostałem z całą rodziną, to niebawem mając zaledwie 9 lat, zostałem sam 

– wspominał w 2014 r.

Większość więźniów z transportów warszawskich przeniesiono po kilku lub kilkunastu tygodniach do innych obozów w głębi Trzeciej Rzeszy i zatrudniono w przemyśle zbrojeniowym. Niemcy rozpoczynali już ewakuację Auschwitz. W styczniu 1945 r. wywieziono do obozów w Berlinie co najmniej 602 kobiety z dziećmi, także urodzonymi już w obozie. Niektórzy więźniowie zginęli w trakcie ewakuacyjnych "marszów śmierci", inni doczekali wyzwolenia w obozach w Rzeszy. W momencie wkroczenia Armii Czerwonej w Auschwitz znajdowało się co najmniej 298 warszawiaków.

Niemcy założyli obóz Auschwitz w 1940 r., aby więzić w nim Polaków. Auschwitz II-Birkenau powstał dwa lata później. Stał się miejscem zagłady Żydów. W kompleksie obozowym funkcjonowała także sieć podobozów. W Auschwitz Niemcy zgładzili co najmniej 1,1 mln ludzi, głównie Żydów, a także Polaków, Romów, jeńców sowieckich i osób innej narodowości.