Był to dla ludności Wilna straszny czas – po raz pierwszy w historii miasto zostało opanowane przez wroga. Przez trzy dni trwała rzeź Polaków – wymordowano 20 tys. osób – połowę mieszkańców, budynki płonęły niemal trzy tygodnie. Zniszczeniu uległo wiele cennych budowli, nigdy już nie odbudowanych. Rozpoczęła się 6-letnia okupacja Wilna. Rosyjska dzicz ograbiła je ze wszystkiego, co przedstawiało jakąkolwiek wartość. Spalono prawie wszystkie kościoły, niezależnie od wyznania. Miasto wyludniło się i na dziesiątki lat utraciło swoją świetność. 

Rzeź zakonników w Wilnie, w 1655 r.

Pamiętnikarz Jan Cedrowski zanotował:

Głód straszny tak nastąpił, że trwał aż do żniw 1657 r. tak że kotki wszystkie, psy zdechliny ludzie jadali, a na dodatek rżnęli ludzi i ciała ludzkie jedli i umarłym trupom ludzkim wyleżeć się w grobie nie dali.

 

Dopiero w 1660 r. Wilno zostało wyzwolone przez wojska Rzeczypospolitej pod dowództwem Michała Kazimierza Paca. Ale nigdy już nie wróciło do dawnej świetności. Według szacunków historyków, ok. 1650 Wilno miało 45 tys. mieszkańców, a 50 lat później – tylko 40 tys., dopiero ok. 1850 populacja Wilna przekroczyła 45 tys.